血統理論とは
それぞれの馬の特徴を血統というものでグルーピングし、同じグループであれば同じような傾向があるだろうという前提で予想を組み立てる理論です。
血統とは、お父さんが誰でお母さんが誰でという、人間でいうところの家系図みたいなものです。
血統理論を別の言い方をすると「遺伝」的な要素をもって競馬予想を行おうとする方法ですね。
人間でも遺伝的な要素である程度性格とか、能力が決まりますね。例えば高学歴の両親からは高学歴な子供が生まれやすいとか、スポーツ選手の子供は運動神経が高いとかです。
そしてそもそも、競馬はブラッド・スポーツと言われ、遺伝的な要素をもって強いサラブレッドを生産しようとしているわけです。種牡馬には競走成績の良かったサラブレッドしかなれませんし、祖先としてこの馬とこの馬の組合せは強い子供が生まれやすいとかが考慮されるわけです。ですから、血統という要素にもともと馴染みやすいです。
さらにいうと同じ理由（血統を意識して生産している）から、血統表が200年ほど、ほぼ完璧に現存しているので研究もしやすいという背景もありますね。
三大始祖
現在走っている全てのサラブレッドは血統が明らかでかつそれが証明されています。父と母がわからない馬は存在しません。
サラブレッドの兄弟
余談ですが大切な知識です。サラブレッドは母が同じときに限って、兄弟姉妹と言います。父と母が同じときには全弟(全妹)、母だけが同じときには半弟、半兄または単に弟、兄と言います。
これは便宜上ですね。もちろん生物学的には異母兄弟もありえるのですが、逆に多くなりすぎるので言わないだけなんです。
例えばディープインパクトは毎年2000頭も兄弟が産まれてる訳ですから、きりがない。
逆にお母さんが同じ馬は年に２頭は産まれません。サラブレッドは年に１頭しか子どもを産まないので。だから母が同じときのみ、兄弟姉妹というようにしてるのですね。